Další důležitou součástí práce s firemními daty je ochrana informačního systému, souborů a disků před poškozením v případě selhání zařízení nebo softwaru, útoků virů nebo chyb uživatelů. Vývojáři FarStone, Symantec, Acronis, Microsoft, VMware a další nabízejí pokročilé zálohovací programy, které vytvářejí kopie systému, zajišťují jejich ukládání, včasnou archivaci a mazání. Aplikace pro zobrazování a obnovu po havárii dokumentů, serverů, pevných disků, výměnných médií a operačního systému jako celku pomáhají předcházet ztrátě informací systematickým zálohováním souborů a disků. Podniky i domácí uživatelé mohou využívat systémy ochrany a obnovy dat pro různé typy platforem a serverů, zařízení a databází.
Programy pro pevné disky umožňují zvětšit volné místo na disku trvalým zničením zbytků smazaných systémových souborů, zvýšit výkon systému včasnou defragmentací a rozdělit disky na samostatné oddíly pro pohodlnou katalogizaci a ukládání informací. Přední světoví výrobci Veritas, Acronis a Ontrack nabízejí disková řešení, která zajišťují vysokou rychlost systému a optimální ukládání všech důležitých dat.